Importation de l'ensemble des données de Paracou de la base Guyafor dans un dataframe
Paracou2df(
WHERE = NULL,
UID = NULL,
PWD = NULL,
Driver = "SQL Server Native Client 10.0"
)
Clause WHERE optionnelle de la requête SQL envoyée au serveur
Compte SQL Server utilisé pour la connexion. Par défaut, l'authentification est faite par Windows.
Mot de passe du compte SQL Server.
Nom du pilote ODBC, dépendant de l'installation du système. La valeur par défaut est le nom le plus fréquent. "SQL Server" peut fonctionner si la valeur par défaut renvoie une erreur indiquant que le pilote ODBC n'existe pas.
Un dataframe contenant le résultat de la requête ODBC
La fonction exécute une requête sur le serveur sql.ecofog.gf pour lire les données Un pilote ODBC pour SQL Server doit être accessible.
# Creation d'une communaute spatialement explicite (package SpatDiv)
if(require("dbmss") & require("dplyr") & require("tidyr")) {
Paracou2df("Plot='6' AND CensusYear=2016") %>%
# Arbres vivants
filter(CodeAlive == TRUE) %>%
# Variables utiles
select(Plot, SubPlot:Yfield, Family:Species, CircCorr) %>%
# Nom complet des especes
unite(col = spName, Family, Genus, Species, remove = FALSE) %>%
# Champs d'un wmppp. Le poids est la surface terriere
mutate(X=Xfield, Y=Yfield, PointType=as.factor(spName),
PointWeight=pi*(CircCorr/pi/2)^2, PointName=idTree) %>%
dbmss::wmppp(window = owin(c(0,250), c(0,250),
unitname=c("metre", "metres"))) -> Paracou6
plot(Paracou6, which.marks="PointWeight",
main="Surface terrière (cm2) \n
des arbres de la parcelle 6 de Paracou en 2016")
}
#> Loading required package: dbmss
#> Loading required package: Rcpp
#> Loading required package: spatstat.core
#> Loading required package: spatstat.data
#> Loading required package: spatstat.geom
#> spatstat.geom 2.4-0
#> Loading required package: spatstat.random
#> spatstat.random 2.2-0
#> Loading required package: nlme
#> Loading required package: rpart
#> spatstat.core 2.4-4
#> Loading required package: dplyr
#>
#> Attaching package: ‘dplyr’
#> The following object is masked from ‘package:nlme’:
#>
#> collapse
#> The following objects are masked from ‘package:stats’:
#>
#> filter, lag
#> The following objects are masked from ‘package:base’:
#>
#> intersect, setdiff, setequal, union
#> Loading required package: tidyr
#>
#> Attaching package: ‘tidyr’
#> The following object is masked from ‘package:magrittr’:
#>
#> extract
#> Warning: Le serveur sql.ecofog.gf n'est pas accessible.
#>
#> L'inventaire 2016 de la parcelle 6 de Paracou est retourné par défaut.